化学工程学院前身可追溯至1929年，由我国杰出的林学家、教育家、社会活动家、新中国首任林垦部长梁希先生在浙江大学筹建并在原中央大学正式创办的森林化学室。1952年全国高校院系调整时，由原中央大学森林系与金陵大学森林系合并组建南京林学院，以原中央大学的森林化学室为基础开设林产化工专业，1955年华中农学院林学系（武汉大学、南昌大学和湖北农学院森林系合并组成）并入南京林学院，林产化学加工专业师资队伍得到了加强。1956年首次招收林产化工专业本科生，1957年招收研究生。1959年5月，成立林产化学工程系，1964年增设木材制浆专业方向，1981年林产化学加工工程成为我国首批博士点，1982年增设制浆造纸专业，1986年增设了木材保护与改性和香料两个专科专业，1993年设精细化工本科专业，同年12月林产化工系更名为化学工程学院。1999年学院设置化学工程与工艺本科专业，2000、2002和2010年先后获批生物化工、化学工艺和化学工程二级学科硕士点，2011年获批化学工程与技术一级学科硕士点。2008年，学校院系调整将本院轻化工程和印刷工程两个专业组建成立轻工科学与工程学院。2014年，学院环境工程专业组建成立生物与环境学院。学院的特色优势学科及支撑学科为林产化学加工工程学科，该学科获批我国首批博士点学科，并从1989年起被评为国家重点学科。该学科所支撑的我校林业工程一级学科自2017年连续入选国家“双一流”学科建设行列，学院成为支撑我校一流学科建设的核心学院。

学院拥有国家林业局林产化学加工重点开放性实验室、江苏省生物质绿色燃料与化学品重点实验室、江苏省高校农林生物质化学与利用国家重点实验室培育点、林业资源生物化学加工学科综合训练中心和江苏省高等学校基础课实验教学示范中心（化学工程实验中心）；学院是江苏省人民政府、国家林业草原局省部共建“林产化学与材料国际创新高地”、江苏省林业资源高效加工利用协同创新中心的核心组成部分。

学院设林产化工系、精细化工系、生物工程系、化学工程系、制药工程系和应用化学系。拥有林业工程博士后流动站，林产化学加工工程、生物质能源科学与技术2个博士学位授权点，化学工程与技术一级学科硕士学位（生物化工、化学工艺、化学工程、应用化学4个二级学科）授权点，林产化学加工工程、生物质能源科学与技术二级学科学位授权点，以及材料与化工、生物与医药专业硕士学位授权点。学院现有林产化工、化学工程与工艺、生物工程、生物制药4个本科专业，其中林产化工、生物工程、化学工程与工艺为国家一流专业，生物制药为江苏省一流专业。在校博士研究生120余人，硕士研究生450余人，本科生1500余人。

学院现有教职工120人，其中教授46人、副教授48人，博士生导师42人，硕士生导师61人。拥有国家级人才、四青人才、双聘院士、江苏省“333工程”第二层次、江苏省特聘教授等国家和省部级人才20余人。荣获国家科技进步奖一等奖/二等奖、国家技术发明奖二等奖等国家级奖项、梁希林业科学技术奖、江苏省科技进步奖二等奖等17项。近5年来，学院先后承担国家重点研发计划、国家自然科学基金等重要科研项目（课题）150余项，年发表SCI论文400余篇，年授权发明专利140余件。

学院高度重视本科创新人才培养，近年来屡获“互联网+”“挑战杯”等学科竞赛国家级奖项。学院每年在林产化工及相关专业中选拔优秀学生组建“梁希班”，实行“一对一”学业导师制培养，选拔优秀学生参与学院“国际创新型化学人才”培养计划，先后赴美国、英国等国外高校开展短期学习交流。此外，与英国斯特莱斯克莱德大学签订了本科生“3+1+1”合作协议，本科生在国内完成大学3年学习后择优选拔赴英国学习1年，毕业时授予南京林业大学学士学位，继续赴英国学习1年后可获授予英国斯特莱斯克莱德大学硕士学位。

更新至2023年7月